Die Symptome des Alagille-Syndroms können sehr unterschiedlich sein, da verschiedene Organe betroffen sind. Am häufigsten sind Störungen der Gallenwege, die zu Gelbsucht und Leberproblemen führen können, sowie Herzfehler wie eine Verengung der Pulmonalklappe. Auch Nierenprobleme, Skelettanomalien und charakteristische Gesichtszüge wie ein spitzes Kinn und eine breite Stirn können auftreten.